转录本(600653股票)

1. 一個基因為什么會有多個轉錄本

這是由于通過內含子的不同剪接可構成不同的轉錄本。

一條基因通過內含子的不同剪接可構成不同的轉錄本。設計轉錄本實驗可以研究內含子剪切機制、表觀遺傳、RNA編輯等，考察一條基因對應的不同轉錄本的調節機制等。

以雙鏈DNA中的確定的一條鏈（模板鏈用于轉錄，編碼鏈不用于轉錄）為模板，以A,U,C,G四種核糖核苷酸為原料，在RNA聚合酶催化下合成RNA的過程。作為蛋白質生物合成的第一步，進行轉錄時，一個基因會被讀取并被復制為mRNA。

(1)轉錄本擴展閱讀：

轉錄本的相關要求規定：

1、以特定的DNA片段作為模板，以DNA依賴的RNA聚合酶作為催化劑，合成前體mRNA。

2、轉錄時，細胞通過堿基互補的原則來生成一條帶有互補堿基的mRNA，通過它攜帶密碼子到核糖體中可以實現蛋白質的合成。

3、以RNA鏈為模板，經逆轉錄酶（即依賴于RNA的DNA聚合酶）催化合成DNA鏈，逆轉錄。這種機制在RNA腫瘤病毒中首先發現。

2. 轉錄譜一個基因多個轉錄本量不一樣怎么辦

轉錄本是一個基因序列通過一種剪切后所得的能RNA.以前說轉錄本都是說表達蛋白的.現在LncRNA的研究多了,也說是一個轉錄本了.還有沒有參考基因組序列的,一般是不可能去GO功能注釋的.因為去功能注釋的時候要有一個背景.

3. 在e!Ensembl網站上搜索基因結果有很多轉錄本，這些轉錄本的來源

esembl的數據每周會和ncbi交換的，過一段時間再看看。不過點開每個剪切子應該可以看到有引用文獻出處的就是有證據的轉錄子，沒有的話就是預測的。兩個數據庫有時會有些出入。要想證明到底是否存在，那么最好的辦法是自己做一下rt-pcr

4. 有的基因為什么有幾個轉錄本不是只有一個啟動子嗎這些轉錄本起始位置一樣嗎

起始位置一樣。但因為整個基因包含了多個剪切信號，所以可將大RNA剪切成多個長度不同的剪切體。

5. 什么是轉錄本

從dna模板復制的rna分子稱為轉錄本（transcript），剛轉錄完成的rna叫初級轉錄本，（primary
transcript），它是被轉錄的dna的精確拷貝。經過一些修飾（例如rna
編輯）后的rna，為成熟轉錄本（mature
transcript），不再與相對應的dna鏈完全一致。

6. NCBI上查找基因時發現有很多轉錄本，這些有什么不同

一個基因產生多個轉錄本通常是由一種原因或者幾種原因導致，最可能的原因有四種：
1. Alternative splicing
選擇性剪接（Alternative splicing）是基因的一種表現方式。生物的基因序列中，包含了內含子（intron）與外顯子（exon），兩者交互穿插，組成基因。其中內含子并不表現，外顯子才是能夠轉錄成mRNA（之后再進一步轉譯成蛋白質）的片段。
而選擇性剪接便是利用這樣的特性，將同一基因中的外顯子以不同的組合方式表現，制造出不同的蛋白質。比如基因Gene ID: 2668的NM_001190468.1轉錄本和NM_199231.2轉錄本;
2. Alternative promoter usage
同一個基因可能由不同的啟動子導致產生不同的蛋白質，比如Gene ID: 2668的NM_000514.4轉錄本；
3. Alternative initiation
同一條mRNA中使用不同的翻譯起始密碼子，通常情況下產生出僅僅在N端有差別的蛋白質序列，比如基因Gene ID: 2668的NM_001278098.1轉錄本;
4. Ribosomal frameshifting
一種翻譯重編碼機制，其導致核糖體改變其對遺傳密碼的讀取，產生不是由mRNA直接編碼的蛋白質，或者兩種甚至更多種不同的蛋白質。
更多原因
RNA editing；
Selenocysteine；
Ribosomal skipping；
Chromosomal rearrangement；
Polymorphism；
Pyrrolysine；
Triplet repeat expansion；
RNA translational shunting；
RNA termination-reinitiation；
RNA suppression of termination；

7. lnc轉錄本的過多，什么原因，lncrna應該是低表達量的reads多，而高表達量的少，但表達

1．LncRNA簡要
LncRNA是一類轉錄本長度超過200nt的RNA，它們本身并不編碼蛋白，而是以RNA的形式在多種層面上（表觀遺傳調控、轉錄調控以及轉錄后調控等）調控基因的表達水平。生物體內含量相相當豐富，約占RNA的4-9%（mRNA約占1-2%）。LncRNA的組織特異性及特定的細胞定位，顯示lncRNA受到高度嚴謹的調控，目前已知其與發育、干細胞維持、癌癥及一些疾病相關。雖然近年來隨著基因芯片及第二代高通量測序技術的廣泛運用，lncRNA不斷被發現，但此類轉錄本的確切功能還未知。目前市場上的lncRNA芯片通常將lncRNA與mRNA設計在一起，RNASeq數據中也包含lncRNA, mRNA序列，因此可以通過分析lncRNA與mRNA表達相關性對lncRNA進行功能注釋。
2．分析流程圖

3. 分析內容
①計算LncRNA與mRNA表達相關性，根據設定的域值篩選lncRNA與mRNA關系對，構建LncRNA與mRNA共表達網絡，如下是全局網絡

②基于lncRNA與mRNA表達相關性以及lncRNA與mRNA基因組位置近鄰關系，得到lncRNA的潛在靶標基因，對差異表達的lncRNA靶標基因進行功能注釋以及功能富集分析，如下是功能富集的GO的Barplot圖和差異lncRNA的Heatmap圖

③研究lncRNA與mRNA的共表達網絡的拓撲學特性，基于度篩選網絡拓撲上重要的lncRNA，這些lncRNA極有可能是與研究背景相關的lncRNA，如下是重要lncRNA與mRNA的局部共表達子網絡

④客戶提供研究背景相關一組基因，根據表達相關性可以找出與這組基因相關的lncRNA，從而構建出感興趣的共表達網絡。通過構建的共表達網絡能進一步找到感興趣的 hub lncRNA。

lncRNA深度挖掘分析
一、差異lncRNA靶基因預測
lncRNA的靶基因較為復雜,主要分為正式和反式兩種作用機制.lncRNA作用機制與miRNA類似,均可以通過調控相應的mRNA來行使功能,所以靶基因的預測在科學研究中都顯得非常必要。
二、靶基因Gene Ontology分析
我們將靶基因向gene ontology數據庫的各節點映射,計算每個節點的基因數目.
三、靶基因Pathway分析
信號通路分析需要完備的注釋信息支持，通過整合KEGG、Biocarta、Reactome等多個數據庫的信息可以精確檢驗來進行Pathway的顯著性分析。
四、lncRNA與調控基因的表達機制
通過整合lncRNA的信息和靶基因之間的關系,我們可以得到一個lncRNA與靶基因之間的調控網絡圖.
五、 轉錄因子結合位點預測
對于差異表達lncRNA，提取轉錄起始位點上下游序列,使用預測程序對其轉錄因子結合位點進行預測.
六、基因關聯分析
現在市面上的lncRNA芯片均含有mRNA的表達探針,通過將lncRNA的靶基因分析結果與芯片上mRNA的表達結果做關聯分析,可以更進一步的分析lncRNA的功能。
七、信號通路調控網絡構建：
實驗中基因同時參與了很多Pathway，通過構建信號通路調控網絡，從宏觀層面看到Pathway之間的信號傳遞關系，在多個顯著性Pathway中發現受實驗影響的核心Pathway，以及實驗影響的信號通路之間的調控機理。
八、lncRNA的功能分析
根據lncRNA最新的功能數據庫，利用生物信息學工具，做出Function-Tar-Net圖表，從而得出lncRNA與功能的關系

8. 什么是初級轉錄本其功能是

從DNA模板復制的RNA分子稱為轉錄本（transcript），剛轉錄完成的RNA叫初級轉錄本，（primary transcript），它是被轉錄的DNA的精確拷貝。經過一些修飾（例如RNA 編輯）后的RNA，為成熟轉錄本（mature transcript），不再與相對應的DNA鏈完全一致。

9. 轉錄本是什么

轉錄本是有一條基因通過轉錄形成的一種或多種可供編碼蛋白質的成熟的mRNA。一條基因通過內含子的不同剪接可構成不同的轉錄本。

設計轉錄本實驗可以研究內含子剪切機制、表觀遺傳、RNA編輯等。通常是考察一條基因對應的不同轉錄本的調節機制。

mRNA特點：

1，原核生物mRNA常以多順反子的形式存在，即一條mRNA鏈編碼幾種功能相關聯的蛋白質。真核生物mRNA一般以單順反子的形式存在，即一種mRNA只編碼一種蛋白質。

2，原核生物mRNA的轉錄與翻譯一般是偶聯的，即轉錄尚未完畢，蛋白質的轉譯合成就已開始真核生物轉錄的mRNA前體則需經后加工，加工為成熟的mRNA與蛋白質結合生成信息體后才開始工作 信息體中蛋白質與RNA之比約為3。

3，原核生物mRNA半壽期很短，一般為幾分鐘，最長只有數小時（RNA噬菌體中的RNA除外）。真核生物mRNA的半壽期較長，如胚胎中的mRNA可達數日。

10. 鏈特異性文庫怎么確定區分轉錄本方向

鏈特異性轉錄組測序（strand-specific RNA sequencing）是指在構建測序文庫時，利用Illumina高保真Taq酶將mRNA鏈的方向信息保存到測序文庫中。測序后的數據分析可確定轉錄本是來自正義還是反義DNA鏈。與普通轉錄組測序相比，它更能準確地統計轉錄本的數量和確定基因的結構，同時可以發現更多的反義轉錄本，目前被廣泛地應用于研究基因結構和基因表達調控等領域范圍。